Ancak, bu işlem Kars Çayı üzerinde beklenmedik bir etkiye yol açtı. Kars Barajı'nın kapaklarının kapanmasının asıl nedeni, sulama iletim hattında devam eden bir çalışma. 

Bu çalışma ile birlikte barajın su seviyesinin yükseltilmesi amaçlanıyor. Kars Barajı, bölgedeki geniş tarım arazilerinin sulanması için önemli bir su kaynağı olarak işlev görüyor. Ancak, barajın kapaklarının kapatılması, doğal olarak çayın debisini ciddi şekilde etkiledi. 

Kars Çayı, yıllarca bölgedeki ekosistem için önemli bir su kaynağı olmasının yanı sıra, yerel halk için de büyük bir öneme sahipti. Ancak barajdaki su seviyesinin artmasıyla birlikte çayın akışı ciddi şekilde azalmaya başladı. Bu durum, çayın kıyılarında ve yatağında dramatik değişikliklere yol açtı. 

Bazı bölgelerde, suyun tamamen çekilmesiyle çayın tabanı ortaya çıktı. Ayrıca, suyun bulunduğu bazı bölgelerde ise yosunların hızla yayılmaya başladığı gözlendi. Yosunlanma, ekosistem dengesini bozabileceği gibi, suyun kalitesinin düşmesine de neden olabilir.